細かくて恐縮なのですが、
cocoon設定がデフォルトですと、mainとsidebarの高さがそろっていませんでした。
通常は気にならないと思いますが、
cocoon設定→インデックス→枠線の表示：「カードの枠線を表示する 」
として枠線を表示させると、ずれている感が目立つと思います。
画像を添付しておきます。

もし直していただけるなら嬉しいですが、
あまり皆さんが気にならないようなら、各自でという感じかなと思います。

あと個人的にちょっと、う～ん？？と思ったのは
「カラム」の「サイドバー余白幅」に何か数字を入れると、上下は自動で20pxの設定が適用されるようです。

デフォルトで何も入れない状態ですと、style.cssの1721行目が使われ上余白は9pxです。

＝＝下記は個別に自分で直す場合＝＝

cocoon設定→「カラム」で「サイドバー余白幅」の数字を何も設定していない場合

style.cssの290行目あたりにある

.main {
width: 860px;
margin-right: 20px;
padding: 20px 29px;
border: 1px solid transparent;
border-radius: 4px;
position: relative;
}

ではpaddingが20pxになっていますので、メインは上余白が20pxということになります。

1721行目あたりで

.sidebar {
width: 356px;
border: 1px solid transparent;
padding: 9px;
border-radius: 4px;
background-color: #fff;
}

サイドバーは、paddingが9pxとなっており、上余白は9pxということになります。

もしcocoon設定の「カラム」のところで
「サイドバー余白幅」をデフォルト値のまま、全く触れず変えていない場合、
サイドバーの上余白は9pxなので
mainの上余白20pxを9pxにすれば高さがそろいます。

子テーマに

.main {
padding: 9px 29px 20px 29px;
}

と追加すれば、mainの20pxの余白部分が上に上がり、sidebarの9pxと一緒になり
左右の高さが一緒になります。

次に
ブラウザを縮めていくとレスポンシブで、サイドバーが落ちてメインの下に行くまでの間、1242px以下の時点になるとまた高さがずれてしまいます。

インラインでブレイクポイントとして
@media screen and (max-width: 1242px){
.sidebar {
padding: 0 10px;
width: 30%;
}}

が書かれています。サイドバーの上余白paddingが0pxでゼロの設定になっています。

子テーマに用意されている1240pxを
1240px→1242pxと変え、もしくは1240pxをコピペして1242pxに変え

/************************************
** レスポンシブデザイン用のメディアクエリ
************************************/
/*1242px以下*/
@media screen and (max-width: 1242px){
/*必要ならばここにコードを書く*/

.main {
padding: 0 29px 20px 29px;
}
}
とメインのpaddingの上余白をゼロにすれば、またsidebarと高さがそろいます。

もしもcocoon設定で「サイドバー余白幅」を変えている場合は、例えば「20」の場合
max-widthが変わり、@media screen and (max-width: 1262px)で切り替わります。
pxを変える必要があるので、ちょっとブレイクポイントの数字はややこしいですね。
とはいえ幅の数字を制御するわけなので、ワイドが変わるのは当然ですね。

例）
デフォルト（9px）何も触らない状態：1242px
20：1264px
10：1244px

「サイドバー余白幅」を20にした場合は、最初はmainが20pxなので、ちょうど高さがsidebarとそろっていますが、
1264px以下ですと、sidebarの上余白がゼロになり、mainと高さがそろわなくなります。
なので、メディアクエリの設定だけは必要になります。

（こちらはコンテンツ幅などを変えている場合、また数字が変わりますので要注意です）

/************************************
** レスポンシブデザイン用のメディアクエリ
************************************/
/*1264px以下*/
@media screen and (max-width: 1264px){
/*必要ならばここにコードを書く*/

.main {
padding: 0 29px 20px 29px;
}
}

ただこの部分は200pxあたりの範囲なので、ここはまあしょうがない、まあいいっかでも済むレベルだとも思います。
ここは目をつぶれば、子テーマをいじらず管理画面の設定だけで逃げる手もあると思います。
その場合は、
cocoon設定→カラムで「サイドバー設定」から「サイドバー余白幅」をどんな数字でもよいので、何か数字をいれると、上の余白が20pxの設定になり、1242px前後あたりまでは高さがそろってOKになると思います。
「サイドバー余白幅」の設定は、左右は数字通りですが、上下は20px固定のようなので、入れる数字はなんでもよく、何か数字を入れると上下が20pxの設定になります。
もちろん入れる数字は幅を制御するので、5pxでは狭いとかあると思いますので、バランスのよい幅の余白を設定してください。

個人的には左右はそろっていてほしいかなと思いますので、同じように感じる方がいれば、上記を参考に修正すればよいかと思います！

ちなみにampのスタイルのほうはとくに関係ないと思いますので、気にしないで平気かなと思います。

＝＝＝

わいひらさん、間違っている部分がありましたらフォローしていただけると幸いです。