私の環境でも、Cocoon 2.6.9.5で発生していました。
（Cocoon 2.6.9では発生していませんでした。）

HTML縮小化時に、「//」のコメントが残っていて、その後続までコメントになっているみたいです。
（Cocoon 2.6.9では、このコメントは除去されていました、JavaScript縮小化の変更の影響でしょうか）

ご指摘とエラーの確認ありがとうございます。
該当部分を修正してみました。
https://github.com/xserver-inc/cocoon/commit/4ada6f0e35bce7c6bc558c35e42f2cbc656fa8aa

ご対応いただき、ありがとうございます。

今回ご指摘いただいた箇所は、解消されているように思います。
（「//」も「/*～*/」も、コメントが除去されている）

ただ、別の問題が発生しました。

HTML縮小化前は、アピールエリアは以下のような感じでした。

バージョン：2.6.9.5
[Cocoon設定]→[高速化]→[HTML縮小化]オンにすると図示するように、HTMLが変になり、レイアウトが崩れます。

上記の件は「<style id='cocoon-style-inline-css'>」のものなのですけれど。

HTML縮小化前は、以下のような感じの部分が・・・。

ご確認いただきありがとうございます。
すいません。お手数をおかけしました。
以前自分が追加した余計な痴漢処理は全て行わないことにしました。
https://github.com/xserver-inc/cocoon/commit/0694ccfaf9b7b9a918209a913f18a5c2a732daab

対策できていません。
----------------------------------------------
テーマ名：Cocoon
バージョン：2.6.9.5
カテゴリー数：8
タグ数：12
ユーザー数：1
----------------------------------------------
Verですが2.6.9.5ですか？

該当のJSの部分がエラーとなります。

<script type="text/javascript"> /* <![CDATA[ */ (function() { var request, b = document.body, c = 'className', cs = 'customize-support', rcs = new RegExp('(^|\\s+)(no-)?'+cs+'(\\s+|$)'); request = true; b[c] = b[c].replace( rcs, ' ' ); // The customizer requires postMessage and CORS (if the site is cross domain). b[c] += ( window.postMessage && request ? ' ' : ' no-' ) + cs; }()); /* ]]> */</script>

●補足

親テーマで[HTML縮小化]オンにすれば、consoleにエラー表示され、確認できます。

以前より増えてしまいました。

すいません。かなり注意力散漫ですね僕。
こういうのは落ち着いてできる家に帰って、大きなモニターでじっくりやった方がいいのかも。
GitHubのファイルを修正してアップしておきました。
script関係を縮小化しないようにしてみました。

----------------------------------------------
テーマ名：Cocoon
バージョン：2.6.9.6
カテゴリー数：8
タグ数：12
ユーザー数：1
----------------------------------------------

consoleにエラーがでない事を確認しました。
一旦、本件をクローズとします。

●雑談

自社のプログラム品質への取り組みですが、デバッグで洗い出し、品質を確保すると言う考えはありません。
品質は、作り込むと言う考えです。

コーディング、デバッグは下流工程です。
ここでの手戻りは、大きな工数損失です。
設計段階のレビューなどの確認を、重要視し、各工程で、品質を作り込みます。

また、デバッグも机上での摘出率70%と言う考えが定着してます。

ご参考までに。

私の環境でもエラーはありません。

adminバーのカスタマイズやアピールエリアの背景色も、反映されています。
scriptタグの中身も縮小化されなくなったと思います（全部は確認していません）

ご確認いただきありがとうございます。
プログラム品質への取り組み痛み入ります。

確かに病院からだと、なかなか集中できなかったり、パソコン周りの機能的に足りない部分があったりで簡易的にした方がいいのかもしれません。

とはいえ治療のおかげで、当初高熱が出ていたものが今は平熱となり、酸素濃度や脈拍も平常時に戻って、体のだるさも取れました。
体のしんどさが取れてしまうと今度は暇を持て余してしまって。。
あとやらなければいけないことがたまってしまうと、帰った時に怖いというのもありまして…。

とはいえ現在は、決して無理してやっているわけではなく、自発的にやっております。
とはいえ家に帰ってからやった方がいいものは、家に帰ってからやりたいと思います。