申し訳ないですが、YouTube動画URLのパラメーターをそこまで変更する人もいないと思うので、現状では機能追加は考えていません。
あまり利用しない機能を追加しても、設定画面がややこしくなるだけなので。

あと、そういった機能を付けてしまうと、これらのパラメータ全てに設定項目を設ける必要があるので、需要がなさそうな割には、開発コストが高いです。
https://developers.google.com/youtube/player_parameters?hl=ja

そういう設定は、カスタマイズで変更すべきかと思います。
なので、フックを利用したカスタマイズでデフォルトを手軽に変更できるようにしてみました。
まずはこちらでアップデート。
https://github.com/yhira/cocoon/archive/master.zip

あとは、子テーマのfunctions.phpで以下のようなコードを書くとデフォルトパラメータを設定できます。

//YouTube高速化埋め込みのデフォルトパラメータを設定したい時
add_filter('youtube_embed_default_args', 'youtube_embed_default_args_custom');
function youtube_embed_default_args_custom($args){
  //デフォルトのパラメーターを記入
  //ここで記入したものは、URLで入力したパラメータで上書きされる
  $args['rel'] = 1;
  $args['controls'] = 0;
  $args['start'] = 3;
  $args['end'] = 10;
  return $args;
} 

参考：YouTube 埋め込みプレーヤーとプレーヤーのパラメータ  |  YouTube IFrame Player API  |  Google Developers

最終的なYouTube URLを変更するためのフックを利用したものがこちら。

//YouTube高速化埋め込みの最終的なパラメータを設定したい時
add_filter('youtube_embed_args', 'youtube_embed_args_custom');
function youtube_embed_args_custom($args){
  //URLで入力したパラメーターも上書きできる
  $args['rel'] = 1;
  $args['controls'] = 0;
  $args['start'] = 3;
  $args['end'] = 10;
  return $args;
} 

わいひら様

確かにそうですね、わかりました。

お忙しいところ対応していただきありがとうございました。