自動広告を選択してるからだと思います。
AdSenseの自動広告は、Googleが勝手にコードを挿入してしまうので、制御はできません。
完全に制御するには、「マニュアル広告設定」を選択してください。

また、自動広告部分の説明文が、紛らわしいため以下に修正しておこうと思います。

「自動広告」を選択した場合は、AdSenseが勝手に広告コードを挿入するので制御はできません。「自動広告のみ」が有効の場合、「広告の表示位置」や「[ad]ショートコード」で設定した広告の表示は無効になります。

修正版はこちら。
https://github.com/yhira/cocoon/archive/master.zip

わいひらさん、お忙しい中ご連絡ありがとうございます。

自動広告からマニュアル広告設定に変更しましたが、未だ本文の間に広告が挿入されてしまいます。

「投稿・固定ページの表示位置」の設定が問題なのか、または他にも考えられる原因があるのでしょうか。

テキストだけでは、状態が詳しくわからないので、確かなことはわかりません。

出来れば実際のページのURLを貼り付けて「この部分」と場所を書いていただけますでしょうか。

ご確認ありがとうございます。

また、ご連絡が遅くなり申し訳ありません。

参考用のURLです。目次三章の「退職手続き時に必要なものを整理する」中盤あたりに広告が表示されます。

https://ryuyablog.com/forretire

他の記事も同じように文中に割り込んでいます。

よろしくお願いいたします。

アドセンス審査コードをそのまま貼り付けているということはないでしょうか？
表示されているのは自動広告です。審査コードはそのまま、貼り付けていると自動広告が挿入されます。
添付画像のように、広告タグが出力されています。
おそらく、tmp-user/head-insert.phpあたりに貼り付けられているのではないかと思います。
このタグ削除してください。

該当のタグを削除し、[ad]ショートコードを設定しましたが、表示されません。

function.phpを確認したところ、[ad]ショートコードが定義されていないようでした

念のため子テーマのfunction.phpに[ad]ショートコードを定義したところ、広告の表示はされるようになりました。

親テーマのショートコードも設定しておきたいので、お手数ですが正式なコードをご教授いただけませんか？

この話の流れで、いきなり[ad]の話になるのかがちょっとわからないです。
このトピックは、「広告が意図しない場所に表示される」ということだったのではないでしょうか？
それについてはどうだったんでしょう。サイトを見る限り、それは解決したのではないでしょうか。

トピック案内に以下のようにあるように、新しいないようであれば、新しくトピックを立てていただければと思います。

1つのトピックにつき1つの質問を書き込んでください

あと書かれている内容だけでは、どのようなことをした（どんなコードを書いた）のかがわかりません。
新しいトピックでは、そこらへんも詳しく書いていただけると助かります。

お門違いでした。

別のトピックで質問いたします