Cocoonのfooter-insert.phpは、子テーマの「tmp-user」フォルダ内にあります。
「tmp-user」フォルダ内のfooter-insert.phpを編集されていますか？

 子テーマで上書きカスタマイズ利用できるテンプレートの場所 | Cocoon

はい、もちろん「tmp-user」フォルダ内のfooter-insert.phpを編集していますが、再現できません。

わいひら様の方ではCocoonにて再現できていますか？

僕はこのサイトでは、「jQuery.floatThead」は使用していません。

なのでそういったカスタマイズの動作確認までは行っていないです。

サポート対象外のものにもあるように、書き込みだけではカスタマイズの全体像がつかめないので、ちょっとこれまでだけの情報だけでは、申しわけないですが原因はわからないです。

新しいWordpressサイトにCocoonとSimplicityをそれぞれ設置してjQuery.floatTheadを試してみました。
やはりCocoonでは再現できません。
ソースを見るとCocoonでもjquery.floatThead.min.jsファイルをきちんと参照できているようですが・・・

jQuery.floatTheadはとても便利に使えていたので、なんとかCocoonでも利用したいと思っています。
よろしくお願い致します。

※下記URLはわいひら様ご確認後、削除して頂きたいです。

Cocoon
https://管理者によりURLは削除/
Simplicity
https://管理者によりURLは削除/

以下のコードを

jQuery(function(){
 jQuery('table.sangokushi').floatThead();
});

以下のように変更するとどうでしょうか。

(function($){
 $('table.sangokushi').floatThead();
})(jQuery);

ただ、独自カスタマイズについては、本当にサポート外なので、今後動作確認をするとしても、優先順位は最も最後となるのでご了承ください。

変更しましたが追従しません。

大変お手数をおかけして申し訳ございません。

無事解決致しました！

<!-- jQueryが読み込まれないテーマの場合コメントを解除 -->
をすればjQuery.floatTheadが動作するようになりました。

コメントを解除するだけでは無理で、わいひら様の上記コードも必要になります。

新テンプレート公開でとてもお忙しい中、お手数をおかけ致しました。

このトピックスが検索にひっかかり他の方のお役に立てればと思います。

ありがとうございました。

※上記のテストサイトのURLは削除して下さい。お願いします。

おお！うまくいったんですね。
動作報告ありがとうございます。
JavaScript関係は、ちょっとしたことで、動作しなくなるのが…。

<!-- jQueryが読み込まれないテーマの場合コメントを解除 -->
をすればjQuery.floatTheadが動作するようになりました。

という事は、jQuery効果が読み込まれていなかったということなので、もしかしたらtmp-user/footer-insert.phpの読み込み位置も悪かったのかもしれません。申し訳ないです。
より万全となるように、次のバージョンまでに位置を修正しておきます。