管理画面をみてもわからないので、質問させてください。

3カラムの仕様はないからではないでしょうか？

PHPファイルとCSSを触れば3カラムになるでしょうけど、最低限2個のPHPファイルをさわらないとダメだと思います。

• naviを読み込む記載がある所を消す。

header-container.php (tmp/header-container.php)

• mainを囲む領域と同じところにnaviを出力するコードを書く

Cocoon: body-top.php (tmp/body-top.php)あたり

• CSSで3カラムになるように装飾する

ナビに幅をあたえるなど

色々詳細が不明ですし。実際に試すに至りませんが。

だいたいこんな感じで不備がないかチェックして完成させる感じ。とだけ。

記事内ではなく、3カラムにすることはできますか？

ここをもう少し具体的に書いていただければと思います。

記事内ではなく、どの部分に表示するのでしょうか。

返信遅くなりましたm(_ _)m

このテンプレートは2カラムになっていますが、

サイト全体が3カラムのを探しています。

最近はあまり3カラムのを見かけないみたいなので。

wordpressの管理画面で具体的に言うと

テーマを追加→レイアウト→3列　のレイアウトのことになります。

残念ながら、Cocoonに3カラム機能はありません。
というのも、3カラム機能を付けることで、動作チェックする必要がある設定が大幅に増えて、開発コスト（主に労力）が段違いにかかるからです。
Cocoonは、なるべくシンプルな実装にして手軽に機能追加できるようにしたいので、2カラムしかない仕様をとっています。

なので、3カラムにするにはカスタマイズを行うしかないです。やるにしても、結構大変だと思います。
なので、最初から3カラムのテーマを使った方がサイトの管理コスト的にも良いような気がします。