0.6.1より結構前から、目次の出現順番に関する変更は行っていないと思います。
何が原因かわかりませんが、サポート対象外のものにもあるように、申し訳ないですが基本的にプラグインに合わせてテーマ仕様を変更することはないです。テーマ側の機能が優先なので。

私もSimplicity時代よりTable of Contents+をつかって目次を設定しているのですが、特にプラグインにこだわりがないのでCocoonのデフォルトでの目次機能を使いたいと考えています。

今のところ目次の下（H2前）に広告ウィジェットが表示されるので、Simplicityのように広告ウィジェットの下に目次を表示できるようなオプションがあれば便利だなと思いました。

もし先々の機能追加でリクエストできれば幸いです。

※非表示・表示オプションが追加されていたので、期待しております・・・・

Cocoonデフォルト機能の目次ならば、テーマ設定の「目次の表示順」の設定を変更することで変わらなかったでしょうか。

わいひらさん

いつの間にか実装されていたのですね・・・失礼しました。

私はこれで大丈夫です！

とりあえず、うまく動作したようで良かったです。

わいひら様、こんばんは。

お返事をいただいて、自分でphpいじってできれば、ここにその方法を書こうと思っていろいろ調べたりしてみたのですが、ギブアップなので、ひとまずここは閉じていただけますか？

お忙しい中申し訳ないですが、どうぞよろしくお願いします。

以前は、こんな感じでコードを書いて優先度の数字を変更すれば、順番を変えれたような気はするんですが、なぜか変更できなかった。

add_action( 'init' , 'ad_order_demo' );
function ad_order_demo() {
  remove_filter( 'the_content', 'add_ads_before_1st_h2', BEFORE_1ST_H2_AD_PRIORITY_STANDARD );
  add_filter('the_content', 'add_ads_before_1st_h2', 9);
  remove_filter('the_content','add_widget_area_before_1st_h2_in_single', BEFORE_1ST_H2_WIDGET_PRIORITY_STANDARD);
  add_filter('the_content','add_widget_area_before_1st_h2_in_single', 9);
} 

一応、解決済みにしておきます。

ただ、何か方法があれば書き込めるようにトピックはオープンにしておこうと思います。

わいひらさま、コードまで書いていただきありがとうございます。

simplicityで同じような質問があったので試してみたりしたのですが、おっしゃる通りダメで、何が原因なのかいろいろ検討してみたんですけど、全然わからず。

時間がたつと、Cocoonユーザー以外のTOC+ユーザーで同じような人がいて、教えてくれる人がいるかもしれないと今は淡い期待をしています。

なので、解決したら、その時はまた書き込みに来ます。

それと、本題とは関係ないですが、正式リリース発表にわたしもうれしくなりました。

わいひらさま、本当にお疲れさまでした。

私の環境で試した結果なので、さくらさんの環境でも同様の結果を得られる保証はないのですが、毎回ショートコードを使ってしまってはいませんか。

わいひらさんが書いてくださったコードをfunctions.phpにそのままコピペしたところ、TOC+の設定で「以下のコンテンツタイプを自動挿入」のpostにチェックした状態だけですと、見出しの上に広告が挿入されました。

https://gyazo.com/0c49f6f0a4e3f0703193b08436d505c8

ただ「以下のコンテンツタイプを自動挿入」のpostのチェック有無にかかわらず[toc]のショートコードを使った場合、コードが反映されないようで、見出しの下に広告が挿入されたままになってしまいました。

記事の数も関係してくるので面倒かもしれませんが、見出しがいらない記事でのみ[no_toc]を使っていけば、見出しを使いたい記事にTOC+の機能で自動挿入させることでコードが反映されそうなので、postには自動挿入だけ（[toc]は書かない）+[no_toc]のショートコードで意図した動作になるか、さくらさんの環境でも試すのはいかがでしょう。

ジャムくん様

コメントありがとうございます。

わいひら様のコードを張り付けてもやっぱりできない！と思っていたのですが、確認していた記事がショートコードで出していました……。

基本的に目次は表示しているのですが（ショートコードを使うのは主に非表示）、一部の記事だけは、表示する階層を制御したくてショートコードを使って目次を表示しています。

よりによって表示の位置を確認したのがその記事でした……。

ジャムくん様のおかげで、自分の勘違いに気が付けました。（ショートコードと言われて、そういえば、わたしは確認するときに気にしてなかった……！と）

わいひら様、お手数をおかけしてすみませんでした。

そしてありがとうございました。

確かに、ショートコードを使うとadd_shortcode関数を使うことになるので、また優先度とかでは違ってくるのかも。
僕も全く頭にありませんでした。僕も、テストページ用だけ、表示させるのにショートコードで表示させていました^^;
ジャム君さんありがとうございます。

とりあえず、さくらさんの環境でもうまくいったようでよかったです。
僕も、「何故以前動作していたコードが動作しない？？バージョンアップがあったわけでもないのに。」という疑問が晴れてスッキリしました。