ご連絡いただきありがとうございます。
不具合の状態を確認するためいくつか質問させてください。
Cocoon設定→エディターの「拡張カラーパレット色」設定はどのようになっていますか？
スクリーンショットをいただければと思います。

あとラベルボックス背景色のカラーパレット設定はどのようになっていますか？
こちらもスクリーンショットをいただければと思います。

ラベルボックス内のテキストですが、左メニューの色「テキスト」でデフォルト黒が設定されている？

@yhira

「拡張カラーパレット色」は添付画像のようになっています。
特にデフォルトから変更してないはずです。

@yhira 
ラベルボックスの設定はこのようになっています。

@chu-ya 

文字色は黒(000000)を指定しています。

元々、背景色が白だったのですが、変わってしまいました。

補足ですが、手動で背景を(拡張パレットでない)白にすれば、問題なく白になります。

ただ、全記事に対して見直しと修正を行うのは現実的でないと思い、質問させていただきました。

僕の環境で2.5.5.4で設定して、最新版（2.5.7.6）にアップデートして試してみましたが再現されませんでした。
僕の環境ではhas-ex-a-background-colorクラスが出力されています。

しかし問題となっているpcningenさんの環境ではhas-white-background-colorクラスが出力されています。ちょっと今のところ原因は謎です。
ただこういったケースにも対応できるようにCSSを追加しておきました。
以下のファイルで一度アップデートしてみていただけますでしょうか
------------------------------------------------
https://github.com/xserver-inc/cocoon
開発中の最新ファイルをダウンロードする場合は、上記ページのダウンロードボタンからzipファイルをダウンロードしてください。

WordPressでの手動アップデート方法はこちら
https://wp-cocoon.com/manual-update-of-cocoon-theme/
------------------------------------------------

@yhira さん

●補足
has-white-background-colorは、問合せのブログ(2.5.7.5)も、私のブログでもclassは存在します。

html .body .label-box.has-cocoon-white-background-color .box-content {
  background-color: var(--cocoon-white-color);
}

@yhira ご対応ありがとうございます。
正常に表示されるようになりました。

@chu-ya 言われて思い出したのですが、以前にCSSを追加していました。

body .has-white-background-color {
	background-color:transparent !important;
}

2022年5月頃のWordPressアップデートで、ラベルボックスの背景色がはみ出るようになってしまい(添付画像参照)、暫定対応としてこのCSSを入れてました。

これが原因だった可能性があります。

ただ、このCSSを消しても背景色が黒のままでした。(今回のテーマ手動アップデート前)

いずれにせよ、現在は両者とも問題が解決しています。

不具合・カスタマイズ対象ページのURL： https://tadaichi1.com/
相談内容：テーマ更新
不具合の発生手順：BackWPupの失敗
件名: [エラー] BackWPup ログ 20-2月-2023 03:02: WordPressを修正しましたが
テーマの更新がエラーになります。
解決のために試したこと：プライニングBackWPupの失敗を正常にしました。

yurioさん

申し訳ございませんが、こちらは別な方がお立てになったトピックです。

また、お問い合わせ内容も、元々のトピックとは別のものと思われます。

上記のことから、こちらにお書きになるのは好ましくないかと思いますので、以下へトピックを作り、転記させていただきました。

返信等ある方は、以下のトピックへお願い致します。

[エラー] BackWPup ログ 20-2月-2023 03:02: WordPressを修正しましたが テーマの更新がエラーになります。
https://wp-cocoon.com/community/postid/68252/

@pcningen 

ご確認いただきありがとうございます。
BackWPupの件についてはmk2さんが建てたトピックに書き込んでいただければ幸いです。
このトピックは解決済みということで一旦閉じます。