状況がわかりにくいので。テーマ情報をいただけますか。

書き込みの前に以下の3点をご確認ください。

1. 1つのトピックにつき1つの質問を書き込んでください
2. 不具合・カスタマイズ対象ページのURLを提示し高速化を無効にしてください
3. 該当部分のキャプチャ・環境情報とともに書き込んでいただけると助かります

あと、親テーマを有効化したら、どのようになりますか？

それで表示されたらCocoonのデフォルト状態です。

何らかのカスタマイズ・もしくはプラグインが原因だとわかるかと思います。多分CSSではない気がしますがよくわからないです。

かうたっく 様

失礼いたしました。
改めて状況をまとめさせていただきます。

▼現在発生している不具合の概要

サイトヘッダーのロゴが表示されない。

▼不具合の詳細について

サイトヘッダーのロゴが一瞬だけ表示されるが消えてしまう。

▼発生しているサイト

https://wagakkimedia.com/media/

▼その他

ご指摘いただいた、親テーマのCocoonを設定して確認いたしました。

親テーマではロゴが正常に表示されておりました。

▼環境情報

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サイト名：和楽器メディア
サイトURL： https://wagakkimedia.com/media
ホームURL： https://wagakkimedia.com/media
コンテンツURL：/wp-content
インクルードURL：/wp-includes/
テンプレートURL：/wp-content/themes/cocoon-master
スタイルシートURL：/wp-content/themes/cocoon-child-master
子テーマスタイル：/wp-content/themes/cocoon-child-master/style.css
WordPressバージョン：5.3
PHPバージョン：7.2.17
ブラウザ：Mozilla/5.0 (Macintosh; Intel Mac OS X 10_14_6) AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko) Chrome/78.0.3904.108 Safari/537.36
サーバーソフト：Apache
サーバープロトコル：HTTP/1.1
言語：ja-JP,ja;q=0.9,en-US;q=0.8,en;q=0.7
----------------------------------------------
テーマ名：Cocoon
バージョン：2.0.2.4
カテゴリ数：16
タグ数：282
ユーザー数：9
----------------------------------------------
子テーマ名：Cocoon Child
バージョン：1.0.6
----------------------------------------------
Gutenberg：1
AMP：1
PWA：0
Auto Post Thumbnail：0
Retina：0
ホームイメージ：/wp-content/uploads/sites/3/2019/01/thumb_fb_ogp_02.png
----------------------------------------------
ブラウザキャッシュ有効化：1
HTML縮小化：1
CSS縮小化：0
JavaScript縮小化：1
Lazy Load：1
WEBフォントLazy Load：1
JavaScript（フッター）：1
----------------------------------------------
利用中のプラグイン：
AddQuicktag 2.5.3
Akismet Anti-Spam 4.1.3
Classic Editor 1.5
Custom Post Type Permalinks 3.3.4
Custom Post Type UI 1.7.1
Elementor 2.7.5
EWWW Image Optimizer 5.1.3
Featured Video Plus 2.3.3
Google Analytics Dashboard for WP (GADWP) 5.3.10
Google XML Sitemaps 4.1.0
GTranslate 2.8.50
Insert Pages 3.5.1
IP Geo Block 3.0.17.4
Jetpack by WordPress.com 8.0
List category posts 0.81
Public Post Preview 2.9.0
Regenerate Thumbnails 3.1.2
Shortcodes Ultimate 5.6.1
Simple Content Templates 2.1.8
TinyMCE Advanced 5.3.0
TypeSquare Webfonts for エックスサーバー 1.2.1
WP Multibyte Patch 2.8.3
----------------------------------------------

失礼いたしました。
改めて状況をまとめさせていただきます。

たすかります ? 

とりあえずですけど。

親テーマではロゴが正常に表示されておりました。

ご確認ありがとうございます。

プラグインはそのままであれば、その状況であれば
Cocoon子テーマのカスタマイズが影響している可能性が高いカモしれません。

https://github.com/yhira/cocoon-child

上記リンク先にあるファイル群がデフォルト状態なので、子テーマのバックアップを念のためとって
その後どこが原因かを特定してくのが良いかもしれません。

ちなみに。
Cocoon設定の可能性もあるかもしれないですが、おそらく？？？違う気がします。

というのも例えばLazy Load・他設定でいえばモバイルタブの「サイトヘッダーロゴを表示する」など…、であれば、HTML上にサイトヘッダーロゴのHTMLが消えることがないからです。

ざっくりですけどね

子テーマのカスタマイズの影響をまず疑ってみても良いかもしれないです。2日前などの直近カスタマイズではないと思われます。おそらく。

ご指摘いただいた、親テーマのCocoonを設定して確認いたしました。
親テーマではロゴが正常に表示されておりました。

だとしたらかうたっくさんも書かれていますが、子テーマカスタマイズが原因の可能性が高いかも。
functions.phpでなにかカスタマイズしていないですか？

ソースコードを見ると、CSSでは起こりえない感じなので、テンプレートやフックなどによる、何かしらのカスタマイズを行っていないとでない不具合かもしれません。

かうたっく 様
わいひら 様

アドバイスありがとうございます。

ご指摘いただいた設定やfunctionなどを確認していった所、子テーマで一部足りてないファイルがあったようです。
かうたっく様に記載していただいたGitのファイルを改めてアップし直した所、無事にサイトヘッダーのアイコンが表示されました。

色々こちらの確認不足の中、親切に様々なアドバイスをくださり本当にありがとうございます。
今後ともどうぞよろしくお願いいたします。