ご報告ありがとうございます！
取り急ぎ不具合を修正したものだけアップしておきました。
https://github.com/yhira/cocoon/archive/master.zip

PHPで以下のように記入した場合はエラーになります。（スキンのfunctions.phpは親テーマより後に読み込まれてる？）

公開ページでは、親テーマの再々先頭で読み込んでいます。
少なくともis_entry_card_border_visibleよりも先に読み込まれています。

ただ、設定ページでの読み込みは遅いです。それがエラーの原因だと思います。
設定画面での呼び出しのことを失念していました。

けれどこれは、Cocoon設定ページに「スキン制御」を表示させるには、設定を保存してデータベースに保存した後、値を取得する必要があるので、設定画面では、どうしてもかなり後の方に読み込む必要があるからです。
以前はその書き方でもOKだったんですか、Cocoon設定ページに「スキン制御」を表示させるには、そのようにせざるを得ませんでした^^;

なので、1.3.7以降で関数制御するには、以下のように!function_existsといった関数の存在確認をする必要もあるかもしれません。

//エントリーカードの枠線を無効
if ( !function_exists( 'is_entry_card_border_visible' ) ):
function is_entry_card_border_visible(){
  return false;
}
endif;

※上記の制御方法だと「Cocoon設定」ページに「スキン制御」は表示されません。

スキンのデモのサンプルコードも!function_existsを使ったものに修正しておきました。

早速のご対応ありがとうございます！

!function_existsでいけるのは確認していたのですが、それでよかったんですね！
アップしていただいた修正版で試してみました。

PHPでは以下のように記入。

//エントリーカードの枠線を無効
if ( !function_exists( 'is_entry_card_border_visible' ) ):
function is_entry_card_border_visible(){
return false;
}
endif;

//関連記事エントリーカードの枠線を無効
if ( !function_exists( 'is_related_entry_border_visible' ) ):
function is_related_entry_border_visible(){
return false;
}
endif;

//ページ送りナビの枠線を無効
if ( !function_exists( 'is_post_navi_border_visible' ) ):
function is_post_navi_border_visible(){
return false;
}
endif;

CSVでは以下のように記入。

entry_card_border_visible,0
related_entry_border_visible,0
post_navi_border_visible,0

試した結果、

PHP…チェックボックスの無効は３つとも制御OK
CSV、JSON…エントリーカードの枠線は無効にできるが関連記事とページ送りナビの枠線は無効にならない

本体に支障をきたす部分ではないので、お時間のある時にでもご確認いただければと思います。

テーマ表示部分は修正してましたが、設定値取得部分の変更を忘れていました。

修正しておきました。
https://github.com/yhira/cocoon/archive/master.zip
多分これで改善されたと思います。

あと、PHPでの指定は以下の「グローバル変数を使った方法」の方が良いかもしれません（テーマ設定ページのスキン制御が効くので）。
https://wp-cocoon.com/skin-functions-php/

global $_THEME_OPTIONS;
$_THEME_OPTIONS = array(
  'entry_card_border_visible' => '0',
  'related_entry_border_visible' => '0',
  'post_navi_border_visible' => '0',
); 

おそらくご存知の上であえて、関数のオーバーライドを利用した記述（もしくはテスト）であれば、それはそれで全然問題ないです。

修正ありがとうございます！
一通り試しましたがテーマ表示部分は設定変更が問題なく反映されるようになりました。

ただ、設定画面で以下2点ちょっと気になります。

• エントリーカード枠線表示・・・設定の有無に関わらずチェックが入らない
• 関連エントリーとページ送りナビの枠線・・・無効設定時にチェックが入っている

※いずれもスキンからの設定は記入通りに反映されています。

全ての方法でやってみましたが、やはりCSVが簡単でいいですね！
少ない記述で設定できるのは使いやすいです。色々試してみたくなります ? 

動作確認ありがとうございます。

設定画面で以下2点ちょっと気になります。

これは、スキン制御下でということでしょうか。
それとも、スキン制御を行っていなくても設定が変更できないということでしょうか。

CSV楽ですよね(笑)
僕も今、CSVしか使ってません。
カッコとかクォーテーションで囲まなくていいのは、地味に軽減になりますよね。書式を覚えるのも楽ですし。

,,をコメントとして使えるのも地味に便利（※Cocoon設定のCSV制御のみに有効な方法だけど）。

『エントリーカード枠線表示』
スキン制御化・スキン制御を行っていない、どちらの場合でもチェックが入らない。

『関連エントリー・ページ送りナビの枠線』
スキン制御化でチェックを無効にしているのにチェックが入っている。

以上のような状況です。

個人的には末尾のカンマを削除し忘れることがよくあるので、CSVで制御できるのは助かります。あとCSVでコメントが使えるのも親切すぎます！

『エントリーカード枠線表示』
スキン制御化・スキン制御を行っていない、どちらの場合でもチェックが入らない。

スキン制御下で制限はできないのは仕様です。
スキン制御を行っていない場合は、僕の環境からは変更出来るようです。
functions.phpに関数のオーバーライドが残っているということはないでしょうか。
もし残っていない場合は、スキンを「なし」状態にしたとしても、不具合が再現されますでしょうか。

『関連エントリー・ページ送りナビの枠線』
スキン制御化でチェックを無効にしているのにチェックが入っている。

これは、スキン制御している場合は、以前のテーマの設定状態が表示されます。
このようにしているのは理由があって、そうしないと「スキン制御」で設定した値が、「Cocoon設定値」に保存されてしまうからです。
「スキンを使用していたら設定値が変わってしまった」ということがないようにこのようにしています。

スキン制御下で制限はできないのは仕様です。
スキン制御を行っていない場合は、僕の環境からは変更出来るようです。
functions.phpに関数のオーバーライドが残っているということはないでしょうか。

確認したらfunctions.phpにオーバーライドが残っていました。本当に申し訳ありません…。

仕様の件も理解できましたのでスキンからの制御も利用していきたいと思います。
お忙しい中、何度もご確認いただきありがとうございました。

いえいえ、とりあえずその部分は不具合ではなかったようで安心しました^^

こちらこそ、重要な不具合をご報告いただいてありがとうございます！