●原因

アップデートで設定が変わる事はありません。
前回の設定はDBにテーマ別に保存されており、[Cocoon設定]→[リセット]でリセットしない限り変わる事はありません。
なお、親テーマと、子テーマは別で保存されます。
この為、親テーマを使用し、途中で子テーマに切り替えても、前の設定は反映されません。

現状以下の設定になっています。
[Cocoon設定]→[インデックス]
→フロントページタイプ「一覧（デフォルト）」
→カードタイプ「大きなカード（先頭のみ）」

.list {
display: flex;
flex-wrap: wrap;
}

.front-top-page .list .a-wrap:first-child {
width: 100%;
}


.list .a-wrap {
width: 50%;
}

.list {
display: flex;
flex-wrap: wrap;
}

.front-top-page .a-wrap:first-child {
width: 100%;
}

hatanaka_tbpさん

chu-yaさんの仰っている通りですが、親テーマのアップデートで設定は通常変わらないと思います。

ただ、子テーマをご利用ではないようですし、もしカスタマイズなさっているようであれば、その運用方法などで、そういう事象が発生することはあるかもしれないです。
（設定ではなく、カスタマイズが効かなくなるなど。元の状態が分かりませんので、何とも言えません）

また、フォーラム上部の案内にありますように、お問い合わせの際には「環境情報のご提示」「高速化機能の無効化」をお願いしております。

書き込みの前に以下の3点をご確認ください。

1. 1つのトピックにつき1つの質問を書き込んでください
2. 不具合・カスタマイズ対象ページのURLを提示し高速化を無効にしてください
3. 該当部分のキャプチャ・環境情報とともに書き込んでいただけると助かります

環境情報の取得方法はこちら。
→ https://wp-cocoon.com/theme-report/
高速化設定を無効にするにはこちら。
→ https://wp-cocoon.com/theme-trouble/

フォーラムマナー・ルールにご協力をお願い致します。

別件ですが、Scriptがエラーになっていたり、混在コンテンツが発生しているようです。

今、スマホから拝見して気づきましたが。（スマホからですので、調べたりはしておりません）

そもそも、はみ出している感じです。（以前から？）

皆様、レスポンスとアドバイスありがとうございます。

トップページのレイアウトに関しては一通り元の状態に復旧できました。

マナー・ルールが守れず申し訳ございませんでした。

スマホ用サイトのレイアウトもこれから復旧作業を行う予定です。

以上、よろしくお願いいたします。

●懸念点

図に示す部分ですが、フッターのHTML構成が標準にはありません。
親テーマのテンプレートを独自で変更されているのでは？
また、先に言われている通り子テーマを使用していないように思えます。

現状のままでは、親テーマがバージョンアップされると、上書きされ、同じ問題が起きます。

●対策

子テーマを使うべきです。
その際、tmpフォルダーを作成し、フッターテンプレートをコピーし、独自に変更する。
もしくはアクションフックを用い、要素を追加する。

今のデザインなら、フッターの変更を止め。
ウィジェットエリア、フッター右、中、左に、カスタムHTMLで設定し、CSSで調整する方が簡単だと思います。