僕は、WooCommerceを使ったことがなく、試したことはないので、ちょっと対応しているとは言い難いです。
基本、変則的なJavaScript利用をしてないものであれば、大丈夫とは思うのですが、申し訳ないですが試してみないと分からないとしか言えないです。

ただ、以下のWooCommerce条件分岐関数を見る限り、動作しないページがあっても、対応できるのではないかと思います（保証はできません）。
https://docs.woocommerce.com/document/conditional-tags/

迅速なご回答ありがとうございます。

現在cocoonにWooCommerceを導入してみました。今のところ問題なく動いています。カート機能や商品登録も問題なくできています。

まだまだ完成までは遠いのですが、完成した際はご報告させていただきますね。

もし何か「WordPress公式テーマ」で動作するような部分が、動作しなかった場合は、このトピックにでもご連絡ください。
不具合ページのURLとともに教えていただければ、出来る限り対応出来ればと思います。

お世話になっております。 ここまで順調にサイト作成してきましたが、ダッシュボード【cocoon設定】の項目が表示されない不具合が発生しました。原因はわかりません。

wooocommerce機能のカートに入っている商品数とマイアカウント（ログイン機能）ボタンを表示させるために header-container.phpに以下の記述を行うと、ダッシュボード【cocoon設定】にて【全体】や【header】、【スキン】などのタブだけ表示され、設定画面は非表示になります。

おそらくになりますが、以前フォーラムでご質問されている方と同じ症状だと思われます。ただ、当方の環境と以前の質問者様が異なるのは、さくらサーバーを使用している点です。 レンタルサーバーを使用していて、自前サーバーのようなエラーが出る情報は探しても見つけることができず、フォーラムにて再度質問させていただく形になりました。

追加記述したのは

<ul id="shop_nav">～</ul>までです。

header-container.phpに以下の記述を行うと、【cocoon設定】の項目が表示されなくなることは確認しております。

</header>

<?php get_template_part('tmp/navi'); ?>
<ul id="shop_nav">
<li><a href="/my-account/">ログイン</a></li>
<li><?php global $woocommerce; ?><a class="your-class-name" href="<?php echo $woocommerce->cart->get_cart_url(); ?>" title="<?php _e('Cart View', 'woothemes'); ?>"><i class="fa fa-shopping-cart" aria-hidden="true"></i><span>CART <span class="num"><?php echo sprintf(_n('%d item', $woocommerce->cart->cart_contents_count, 'woothemes'), $woocommerce->cart->cart_contents_count);?></span></span></a></li>
</ul>
</div><!-- /.header-container-in -->
</div><!-- /.header-container -->

どのように修正すれば、cocoon設定非表示の不具合が修正できるのかご指導してくださると、助かります。なお、管理画面のエラーなので、URLの掲載はご容赦ください。どうぞよろしくお願いいたします。

お世話になっております。 ここまで順調にサイト作成してきましたが、ダッシュボード【cocoon設定】の項目が表示されない不具合が発生しました。原因はわかりません。

wooocommerce機能のカートに入っている商品数とマイアカウント（ログイン機能）ボタンを表示させるために header-container.phpに以下の記述を行うと、ダッシュボード【cocoon設定】にて【全体】や【header】、【スキン】などのタブだけ表示され、設定画面は非表示になります。

おそらくになりますが、以前フォーラムでご質問されている方と同じ症状だと思われます。ただ、当方の環境と以前の質問者様が異なるのは、さくらサーバーを使用している点です。 レンタルサーバーを使用していて、自前サーバーのようなエラーが出る情報は探しても見つけることができず、フォーラムにて再度質問させていただく形になりました。

追加記述したのは

<ul id="shop_nav">～</ul>までです。

header-container.phpに以下の記述を行うと、【cocoon設定】の項目が表示されなくなることは確認しております。

</header>

<?php get_template_part('tmp/navi'); ?>
<ul id="shop_nav">
<li><a href="/my-account/">ログイン</a></li>
<li><?php global $woocommerce; ?><a class="your-class-name" href="<?php echo $woocommerce->cart->get_cart_url(); ?>" title="<?php _e('Cart View', 'woothemes'); ?>"><i class="fa fa-shopping-cart" aria-hidden="true"></i><span>CART <span class="num"><?php echo sprintf(_n('%d item', $woocommerce->cart->cart_contents_count, 'woothemes'), $woocommerce->cart->cart_contents_count);?></span></span></a></li>
</ul>
</div><!-- /.header-container-in -->
</div><!-- /.header-container -->

どのように修正すれば、cocoon設定非表示の不具合が修正できるのかご指導してくださると、助かります。なお、管理画面のエラーなので、URLの掲載はご容赦ください。どうぞよろしくお願いいたします。

リンクが間違っていたので、訂正いたします。

https://wp-cocoon.com/community/cocoon-theme/cocoon%E8%A8%AD%E5%AE%9A%E3%81%AE%E3%83%97%E3%83%AC%E3%83%93%E3%83%A5%E3%83%BC%E3%81%8C%E8%A1%A8%E7%A4%BA%E3%81%95%E3%82%8C%E3%81%BE%E3%81%9B%E3%82%93/

フォーラムと同様の原因であれば、サーバー側で対処してもらうしかないような気がします。 ただ、さくらサーバーであれば、多分問題ないのではないかと思います。

そういった症状は、書かれている通りカスタマイズが原因と思われます。

ただ、サポート対象外のものにもあるように、当サポートは、プラグインのカスタマイズまではサポートしきれません。 せめて、エラーメッセージなどを貼り付けていただかないと、ちょっとアドバイスのしようもないかもしれません。
※毎回プラグインカスタマイズの相談があるたびに、時間をかけて同じ環境を構築するわけにもいかないので。