WordPressのデータベースを編集できるphpMyAdminで以下のSQLを実行すれば、添付画像のような一覧を取得することができます。

SELECT *
FROM `wp_postmeta`
WHERE `meta_key` = 'the_page_canonical_url'
LIMIT 50

ちなみに、上記コードのテーブル名の接頭辞（wp）部分はサーバによって変わっているケースもあります。以下のxxxxの部分。その部分はサーバーの設定に合わせる必要があります。

SELECT *
FROM `xxxx_postmeta`
WHERE `meta_key` = 'the_page_canonical_url'
LIMIT 50

meta_valueの値にURLが入っている部分を削除すれば、未設定状態に戻ります。
phpMyAdmin上で削除することも可能です。

Cocoon自体にそういった機能はないので、データベース上で一覧表示させて、あぶり出すのが今できる最も楽な方法なんじゃないかと思います。
※SQLで一括操作もできますが、しくじると致命的なので、一つ一つ確認して編集（値を削除）するのが無難かなと思います。

@yhira 様

ご返答ありがとうございます。

phpMyAdmin上で削除することも可能とのお言葉で、なるほど、と思いました。
SQLは個人スキルが全然ないため手動検索してみました。（添付）

ご参考までに、該当サイトはサクラサーバー。
テーブル名は「wp_postmeta」ではなく「wpXXXXXpostmeta」となっていました。
※カラフルボックスやエックスサーバーはwp_postmetaのようですね

結果が分かってから、わいひら様のＳＱＬを自テーブル名に直して実行してみました。
一瞬で絞られたテーブルが表示されます。
やっぱり作業効率が全然違いますね。

次に同じ作業を行うときは是非使わせていただきます。

Cocoonでの作業しか頭になかったもので、大変勉強になりました。
いつもありがとうございます。

その検索機能で出力されたSQLが僕の書いたコードになります。
「検索」の左の「SQL」をクリックして、テーブル名を変更したSQLを記入して実行すれば同じこととなります。