エラーと言っても様々なエラーがあります。
どんなエラーメッセージが出たかなど詳しく書いていただけないでしょうか。
出来れば、「忍者アナライズの解析タグ」を貼り付けた状態のサイトのURLを提示していただけると助かります。
加えて、貼り付けた解析タグのキャプチャ等をアップしていただければと思います。

ただ、このフォーラムは基本的に、サポート対象外のものにもあるように、外部ツールの質問はサポート外となっています。それは、僕がその外部ツールを使ったことがないかもしれないからです。で実際僕は忍者ツールを使ったことがありません。

なので、必ずしも原因がわかるかは保証できないです。

お世話になっております。

エラーメッセージですが、

'（サイトURL）' のチェックに失敗しました。原因としては「解析タグが正しく設置されていない」、「ページのHTML構文が間違っている」などが考えられます。

と表示されます。

'（サイトURL）' の部分は本来は'http://www.ninja.co.jp'のように設置したサイトURLとなりますが、都合により伏せさせていただきます。

外部ツールでサポート外とのことですので、この件についてはここまで、とするほかないようですね。

お忙しい中、お手数をおかけしました。

（なお、別のサイトで使わせていただいているsimplicityでは、忍者アナライズは正常に設置されて機能していることをご報告しておきます）

サイトURLもなく、解析タグのキャプチャもないのでは、こちらも原因を調べようもなくどうしようもないかもしれません。
さすがに、httpsサイトにhttpスクリプト呼び出しのタグを貼っているとかではないですよね？
いずれにせよ、ここまでの内容で思い当たることといったら、それぐらいしかわからないです。

ていうか、エラーメッセージで検索したら以下のようなページは出てきます。
https://www.ninja.co.jp/analysis/help/faq/1279/
ここらへんで心当たりのあることを探すしかないかと思います。
また、答えてもらえないのかもしれませんが、忍者ツールにダメ元で問い合わせてみるというのもありかもしれません。
https://www.ninja.co.jp/inquiry/