一部ですが、コードを張っておきます
上記添付ファイルの地図表示部分のコードの一部です

<投稿ページ>
[insert_pagehead]
[insert_ct4]
[insert_ctmap ctid=58 mid=111"]

<function.php>
function print_pagehead(){
return "
<link rel='stylesheet' href='//unpkg.com/leaflet@1.7.1/dist/leaflet.css' integrity='sha512-xodZBNTC5n17Xt2atTPuE1HxjVMSvLVW9ocqUKLsCC5CXdbqCmblAshOMAS6/keqq/sMZMZ19scR4PsZChSR7A==' crossorigin=''/>
<script src='//unpkg.com/leaflet@1.7.1/dist/leaflet.js' integrity='sha512-XQoYMqMTK8LvdxXYG3nZ448hOEQiglfqkJs1NOQV44cWnUrBc8PkAOcXy20w0vlaXaVUearIOBhiXZ5V3ynxwA==' crossorigin=''></script>
<script src='//cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/leaflet-gpx/1.5.1/gpx.min.js'></script>
<meta http-equiv='content-type' content='text/html; charset=SHIFT-JIS' />
<meta name='viewport' content='width=device-width, initial-scale=1'>
<link href='https://api.mapbox.com/mapbox.js/plugins/leaflet-fullscreen/v1.0.1/leaflet.fullscreen.css' rel='stylesheet' />
<script src='https://api.mapbox.com/mapbox.js/plugins/leaflet-fullscreen/v1.0.1/Leaflet.fullscreen.min.js'></script>
<script src='//code.highcharts.com/highcharts.js'></script>";
}

add_shortcode('insert_pagehead','print_pagehead');

//コースタイム呼び出し用4
function print_ct4(){
print "
<div id='ct'><h2>コースタイム</h2>
<div id='cttext'></div>
<div id='ctmap' style='width: 100%; height: 400px'></div>
<div id='ctgrf' style='height: 250px; '></div>
<div id='cttbl'></div>
<div id='ctlink'></div>
</div>";
}

add_shortcode('insert_ct4','print_ct4');

//コースタイム表示用
function print_ctmap($atts){
global $wpdb;
$ctid = $atts['ctid'];
$mid = $atts['mid'];

$result = $wpdb->get_results("SELECT * FROM wp_mountaintime WHERE mt_id = '$ctid'");
foreach($result as $row) {
$value = $row->mt_url;
}

$cttext = "<p>" . $row->mt_route . "<BR>" . $row->mt_route2 . "</p>";
$cttime = $row->mt_time;
if (empty($row->mt_url)){}else{
$ctlink = "<p><a href=\"/wp-content/uploads/gpx/" . $row->mt_gpx . ".gpx\" target=\"_blank\">download GPX</a> （右クリックで名前を付けて保存）<BR><a href=\"https://www.yamareco.com/modules/yr_plan/step1_planner.php?planid=" . $row->mt_url . "\" target=\"_blank\">ヤマプラで見る</a></p>";}

$result2 = $wpdb->get_results("SELECT * FROM wp_mountain WHERE m_id = '$mid'");
foreach($result2 as $row2) {
$value2 = $row2->m_name;
}
$mlat = $row2->m_lat;
$mlon = $row2->m_lon;
$ctgpx = $row->mt_gpx;

return"
<script type='text/javascript'>
var cttext = '" . $cttext . "';
var cttime = '" . $cttime . "';
var ctlink = '" . $ctlink . "';
var ctgpx = '" . $ctgpx . "';
var lat = '" . $mlat . "';
var lon = '" . $mlon . "';
console.log(lon);
displayCtMap(cttext, cttime, ctgpx, ctlink, lat, lon);
</script>
";}
add_shortcode('insert_ctmap','print_ctmap');

<javascript.js>
function displayCtMap(cttext, cttime, ctgpx, ctlink, mlat, mlon) {
ctgpx = '/wp-content/uploads/gpx/' + ctgpx + '.gpx';

document.getElementById("cttext").innerHTML = cttext;
document.getElementById("ctlink").innerHTML = ctlink;

ctmap = L.map('ctmap');
ctmap.setView([mlat, mlon], 15);
var cjm = L.tileLayer("https://cyberjapandata.gsi.go.jp/xyz/std/{z}/{x}/{y}.png", {
minZoom: 2,
maxZoom: 18,
attribution: '&copy; <a href="https://maps.gsi.go.jp/development/ichiran.html" target="_blank">国土地理院</a>'
});
var pale = L.tileLayer("https://cyberjapandata.gsi.go.jp/xyz/pale/{z}/{x}/{y}.png", {
minZoom: 2,
maxZoom: 18,
attribution: '&copy; <a href="https://maps.gsi.go.jp/development/ichiran.html" target="_blank">国土地理院</a>'
});

var air = L.tileLayer("https://cyberjapandata.gsi.go.jp/xyz/seamlessphoto/{z}/{x}/{y}.jpg", {
minZoom: 2,
maxZoom: 18,
attribution: '&copy; <a href="https://maps.gsi.go.jp/development/ichiran.html" target="_blank">国土地理院</a> | データソース: Landsat8画像(GSI,TSIC,GEO Grid/AIST,courtesy of USGS), 海底地形(GEBCO), <a href="https://lpdaac.usgs.gov/data_access" target="_blank">世界衛星モザイク画像</a>(LP DAAC, USGS/EROS Center)'
});
var baseMaps = {"地理院地図（標準）": cjm, "地理院地図（淡色）": pale, "空中写真": air};
L.control.layers(baseMaps).addTo(ctmap);
cjm.addTo(ctmap);

//ファイル名に0が入ってるかで分岐
if (ctgpx.indexOf('0') !== -1) {
//ctgpxのなかに'0'が含まれている場合
var ctanalysisText = "<table border='0'><tr><td class='itemname'>コースタイム</td><td class='itemvalue'>" + cttime + "</td><td class='itemname'>水平距離</td><td class='itemvalue'>－km</td></tr><tr><td class='itemname'>総上昇量</td><td class='itemvalue'>－m</td><td class='itemname'>総下降量</td><td class='itemvalue'>－m</td></tr><tr><td class='itemname'>最高高度</td><td class='itemvalue'>－m</td><td class='itemname'>最低高度</td><td class='itemvalue'>－m</td></tr></table>";
document.getElementById("cttbl").innerHTML = ctanalysisText;
document.getElementById("ctgrf").innerHTML = "標高グラフはありません";
}else{
new L.GPX(ctgpx, {
async: true,
marker_options: {
endIconUrl: '/wp-content/uploads/image/goal.png',
startIconUrl: '/wp-content/uploads/image/start.png',
shadowUrl: false,
iconSize: [40, 40],
iconAnchor: [20, 40]
}
}).on('loaded', function(e) {
ctmap.fitBounds(e.target.getBounds());
}).addTo(ctmap);
ctgetGpxData(ctgpx, cttime);
}
}

以下の親テーマの変更が原因だと思います。

scriptをフッターで読み込む機能の廃止

Cocoon 設定 > 高速化にあった「JavaScriptをフッターで読み込む」をお使いであったのなら確実です。

地図や標高グラフが表示されないのは、displayCtMap、displayLogMap をお書きになっている子テーマの javascript.js が読み込まれる前に、displayCtMap や displayLogMap をお使いのためです。

解決方法は 2 つあります。

① 投稿ページの「カスタム JavaScript」にコードを書く。

投稿ページの本文にお書きになっている JavaScript を「カスタム JavaScript」に移します。

※ 「カスタム JavaScript」には、JavaScript のみを書きます。HTML の script タグは不要です。

② 以前の Cocoon にあった「JavaScriptをフッターで読み込む」を復活させる

以下リンク先のコードを子テーマの functions.php に追加します。

https://notepad.pw/share/21z1y36i3

ただし、何かしらの不都合なケースがあったため、この機能は廃止されたはずです。それを復活させる場合は、相応のリスクがあるとお考えください。私であれば、① の方法で解決を目指します。

@sakusakujzz20 さん

あとショートコードの中身は見直しが必要です。

print_pagehead() には、head タグの中に追加しないといけないものが書かれています。また、2 つの meta タグは不要に思えます。

@sakusakujzz20 さん

3 つ目の解決方法を思いついたので書いておきます。

ショートコードにある script タグに type="module" を付けます。

例えば、print_ctmap() にある以下の script タグを…

<script type='text/javascript'>
var cttext = '" . $cttext . "';
var cttime = '" . $cttime . "';
var ctlink = '" . $ctlink . "';
var ctgpx = '" . $ctgpx . "';
var lat = '" . $mlat . "';
var lon = '" . $mlon . "';
console.log(lon);
displayCtMap(cttext, cttime, ctgpx, ctlink, lat, lon);
</script>

このように変更します。

<script type='module'>
var cttext = '" . $cttext . "';
var cttime = '" . $cttime . "';
var ctlink = '" . $ctlink . "';
var ctgpx = '" . $ctgpx . "';
var lat = '" . $mlat . "';
var lon = '" . $mlon . "';
console.log(lon);
displayCtMap(cttext, cttime, ctgpx, ctlink, lat, lon);
</script>

※ 注 1： console.log(lon); はご必要でしょうか？

※ 注 2 ：子テーマの javascript.js が async や defer の非同期で読み込まれる場合は、問題が再発します。

Akiraさま

色々とありがとうございます

結論から言いますと

投稿者:: @akira

<script type='module'>

で解決しました

本当にありがとうございました

投稿者:: @akira

あとショートコードの中身は見直しが必要です。

見直しを行います

投稿者:: @akira

※ 注 1： console.log(lon); はご必要でしょうか？

色々とコードの検証をしていたものが残ってました

色々とありがとうございました