申し訳ないですが、フォーラム案内のサポート対象外のものにもあるように独自カスタマイズによる不具合対応はサポート外とさせていただいています。

なので、アドバイス程度にはなりますが、それはヘッダーやキャッチコピー、ナビゲーション部分に関しても、しっかりとCSSで色付けを行うしかないかと思います。

自前での対応が難しい場合は、以下からプロに依頼するというのも1つの手かと思います。
https://wp-cocoon.com/cocoon-custom/

適用してもヘッダーやキャッチコピー、ナビゲーションなどの色が
うまく反映されません。

ヘッダーのナビは以下指定方法

.page-template-page_yang .menu-header .item-label {
	color: #333;
}

上記CSSは固定ページ特融の指定方法です。それならstyle.cssに書けばOK！

https://condor-silva.com/yang

固定ページyangを指定したもの

.menu-header .item-label {
	color: #333;
}

上記を管理画面の該当固定ページ下にあるカスタムCSSに書けばOKです。そこに書けばそのページのみ適応されるからです。

********

ヘッダーやキャッチコピーの指定方法は以下で良いみたいです。

.tagline {
	color: #333;
}

どう伝えれば。って思いながら書いてたら、すでに書き込みがあった・・・ ? 

わいひら様
申し訳ございません、
サポート外の質問をしてしまい、失礼致しました。
にも関わらずアドバイスを頂き、ありがとうございました。
プロに頼む事も視野に考える事に致します。

かうたっく様
ご親切にご教授頂き、ありがとうございます。
.menu-header .item-label {
color: #000;
}
.tagline {
color: #000;
}
.header .site-name-text{
color: #000;
}
とする事で、ヘッダー・キャッチコピー・ナビゲーションの色が
変更出来ました。
感謝致します！

ちなみに。

固定ページの該当ページ管理画面
URL/wp-admin/post.php?post=数字&action=edit

.page-template-page_yang

この部分を固定ページIDの数字を入れると

例：.page-id-44

.page-id-44 .menu-header .item-label { ここ装飾指定 }

とすれば、個人的なphpカスタマイズをしてなくっても、していても、同じように装飾可能です。

Cocoonは
bodyタグのclassに、該当ページのみ装飾可能な指定がはいってるので。

HTMLをチェックしてみると以下のような感じ

body class="home page-template-default page page-id-44 front-top-page public-page page-body ff-yu-gothic fz-16px fw-400 hlt-center-logo-wrap ect-entry-card-wrap rect-entry-card-wrap no-sidebar no-scrollable-sidebar no-scrollable-main sidebar-right mblt-footer-mobile-buttons scrollable-mobile-buttons author-admin mobile-button-fmb no-mobile-sidebar no-post-author no-sp-snippet" 

かうたっく様
そういうやり方もあるのですね！
大変勉強になります。
重ねて、ありがとうございます！