なにかPHPでカスタマイズはされていますか？

わいひら さま

体調不良でお返事が遅くなり、大変申し訳ございません。

ぽんひろ.comさんの
https://ponhiro.com/cocoon-header-menu-customize/

Cocoon Child: スタイルシート (style.css)

/************************************
** 子テーマ用のスタイルを書く
************************************/
/*必要ならばここにコードを書く*/
/*!
.logo-image span, 
.logo-image a, 
.logo-image img {
  display: block;
}
*/
/**アイコン画像余白**/
.site-name-text img {
margin-top: 5px;
margin-bottom: 0px;
}
/*特定ページの投稿日・更新日と著者情報をまとめて消す場合
.page-id-91 .date-tags,
.page-id-91 .author-info {
    display: none;
} */
/*まとめて消す場合*/
.page .date-tags,
.page .author-info {
    display: none;
} 

/*******************************
* 固定ページ記事タイトル非表示
********************************/
.page 
.entry-title {
  display: none;
}


CSS
*, *:before, *:after {
	box-sizing: border-box;
}
.col_4{
	width: 100%;
	display: flex;
	display: -ms-flexbox; /* IE10 */
	flex-wrap: wrap;
	-ms-flex-wrap: wrap; /* IE10 */
}
.col_4 > div{
	width: 25%;
	padding: 10px;
}
@media screen and (max-width: 960px) {
	.col_4 > div{
		width: 33.33333%;
	}
}
@media screen and (max-width: 480px) {
	.col_4 > div{
		width: 50%;
	}
}

*, *:before, *:after {
	box-sizing: border-box;
}
.col_4{
	width: 100%;
	display: flex;
	display: -ms-flexbox; /* IE10 */
	flex-wrap: wrap;
	-ms-flex-wrap: wrap; /* IE10 */
}
.col_4 > div{
	width: 25%;
	padding: 10px;
}

/************************************
** グローバルメニュー PC
************************************/
#header-container {
  background: linear-gradient(90deg, rgba(28, 189, 255, 1) 0%, rgba(55, 219, 255, 1) 51.39%, rgba(70, 205, 255, 1) 100%); /* 背景色 */
}
 /* ロゴの大きさ・幅に関するもの */
.header-container-in.hlt-top-menu .logo-header img {
  max-height: 100%;
  height: auto;
  max-width: 210px;
  vertical-align: middle;
  margin: 20px 0;
}
#header-container {
  box-shadow: 0 0 10px rgba(30, 30, 30, .1);
  position: fixed;
  left: 0;
  top: 0;
  right: 0;
  z-index: 10;
}
.site-name-text-link {
  color: #fff;
}
.navi {
  background: none;
}
.navi-in > ul .sub-menu {
  background: #fff;
  box-shadow: 0 0 10px rgba(30, 30, 30, .1);
}
.navi-in > ul li {
  width: auto;
}
.navi-in a {
  font-size: 13px; /* ナビ文字大きさ */
  font-weight: bold;
  position: relative;
  color: #fff; /* ナビ文字色 */
  padding: 0 20px;
  display: block;
  text-decoration: none;
}
.navi-in a:hover {
  background: none;
}
.navi-in a:before {
  position: absolute;
  left: 0;
  bottom: 6px;
  content: "";
  display: block;
  width: 100%;
  height: 3px;
  background: #fff; /* マウスON時の下線色 */
  transform: scale(0, 1);
  transition: 0.4s;
}
.navi-in a:hover:before {
  transform: scale(1);
}
.navi-in > ul .sub-menu a {
  color: #666; /* サブメニュー文字色 */
  font-size: 12px; /* サブメニュー文字の大きさ */
}
.navi-in > ul .sub-menu a:before {
  background: #42d5e7; /* サブメニューマウスON時の下線色 */
}
.header-container-in.hlt-top-menu .logo-header {
  max-height: 100%;
}
.header-small {
  opacity: 0.9;
}
.header-small .header-container-in.hlt-top-menu .logo-header img {
  max-width: 130px;
  margin: 10px 0;
}
/*body開始位置  base 90 85 -85*/
#container {
	padding-top: 120px;
}
[id^="toc"]:target {
	padding-top: 115px;
	margin-top: -115px;
}

/************************************
** レスポンシブデザイン用のメディアクエリ
************************************/
/*1240px以下*/
@media screen and (max-width: 1240px){
  /*必要ならばここにコードを書く*/
}

/*1030px以下*/
@media screen and (max-width: 1030px){
  /*必要ならばここにコードを書く*/
		.col_4 > div{
		width: 33.33333%;
	}
}

/*768px以下*/
@media screen and (max-width: 768px){
  /*必要ならばここにコードを書く*/

}

/*480px以下*/
@media screen and (max-width: 480px){
  /*必要ならばここにコードを書く*/
		.col_4 > div{
		width: 50%;
	}

}

↑ここまで
上記を組み込んでます。

あと、カスタムCSSで下記を入力しています。

.item-list {
  display: flex;
  flex-wrap: wrap;
  justify-content: space-between;
  align-items: stretch;
}
.item {
  display: flex;
  flex-direction: column;
  width: 32%;
  padding: 0.3em;
  border: 1px solid #ccc;
  box-sizing: border-box;
 margin-bottom: 0.5em;
}
.item-image {
  min-height: 0%;
}
.item-image img {
  width: 100%;
  height: auto;
  vertical-align: bottom;
}
.item-btn {
  margin-top: auto;
  padding-top: 1em;
}
.item-btn a {
  display: block;
  padding: .5em;
  background: #3498db;
  border-radius: 4px;
  color: #fff;
  text-decoration: none;
  text-align: center;
}

@media screen and (max-width: 460px){
.none {display:none}
}

ul {
	list-style: none;
	margin: 0;
	padding: 0;
}
ul li {
	clear: both;
	margin: 0 0 1em;
}
ul li span {
	display: inline-block;
	float: left;
	width: 100px; /*カゴテリー名による*/
        height: 25px;
	margin: 0 10px 10px 0;
	padding: 2px;
	text-align: center;
	font-size: 13px;
　　 border-radius: 20px;
}
ul li a {
color:#000000;
text-decoration: none;
}
ul li span.gairai {
	background: #deb887;
}
ul li span.dental {
	background: #1e90ff;
}
ul li span.apply {
	background: #FF5192;
}
ul li span.infom {
	background: #90ee90;
}
ul li span.ymd {
	display: inline;
	float: none;
	padding: 0 5px;
	font-size: 13px;
	color: #999;
}

　※ Javaは変更してません。

一部数字をいじった場所もありますが、基本的には手を加えていません。
お手数ですがご助言頂けると幸いです。

なにかPHPでカスタマイズはされていますか？

PHPの質問をしているのですが、PHPはカスタマイズしていないということで良いですか？
子テーマのfunctions.phpに何もカスタマイズコードが書かれていないか確認してみてください。

また、一応、すべてのプラグインの停止をして動作確認も試してみてください。

わいひら さま

ご多忙なのに、的外れな返答ですみません...。

functions.phpは少し追記しています。

// アナウンス枠エリアウィジェット
if (function_exists('register_sidebar')) {
    register_sidebar(array(
            'name' => 'ヘッダー領域追加コンテンツ',
            'id' => 'add-header-contents',
            'description' => 'ヘッダー領域に追加コンテンツを表示するウィジェットです。',
            'before_widget' => '

',
    ));
}
// ヘッダーロゴの下に出力をする
 add_filter('wp_header_logo_after_open', 'add_header_contents');
 function add_header_contents() {
     dynamic_sidebar('add-header-contents');
 }

ヘッダーに病院の連絡先などを載せたいなと思い、
追記しましたが思い通りに動かずまだ運用はしておりません。
↑もう少しチャレンジしてみます。

プラグインはこの後、外して確認してみます。

ご指摘いただきありがとうございます。

お世話になっております。

原因が分かりました。

プラグイン内のPHPショートコードが悪さをしてました。

いろいろ調べたところ、query_postsの使い方を間違えており、
wp_reset_queryが抜けていた為、意としない結果となっていたようです。
12行目に追記したら動作が安定致しました。

お騒がせいたしました。

cocoon内蔵のショートコードを利用したかったのですが、
カテゴリーをどのように表示すれば良いかたどり着けなかったので
あえなく、外部のコードをプラグインを利用して使用してました。
困った時は、まずプラグインの見直しから行ってみます。
有り難うございました。

原因をありがとうございます。
冒頭のような不具合は、PHPが影響していないとちょっとありえないと思ったので、再度質問させていただきました。
その原因でしたら、確かに納得です。