複製してしまうと、IDがかぶるのでそのようになってしまいます。

CSSのみで動作させず、JavaScriptを利用して動作させれば、回避することはできます。
けれど、AMPでも同様の動作を実現させようとすると、CSSのみで動作させるのが最適なので、そのような仕様になっています。
これは、AMPでも動作させるためのやむを得ない仕様なので改善はできないと思います。
※複製利用までは想定していませんでした。

複製したときでも、IDを別のものに修正すれば利用できるとは思います。
けれど、それだと新しくトグルボックスを作った方が楽ですよね^^;

複製処理をフックする方法があれば、IDを置換するなどして、改善出来ればと思います。
ただ、今のところ「ブロックエディターのブロックの複製をフックする方法」はわかっていません。
もし、方法をご存知の方がおられましたら、参考URL等を貼っていただければ、対応させていただこうと思います。

了解しました！

動作に複雑な部分があるということの説明もありがとうざいます ? 

AMPを無視して良いなら、だいぶ楽になるんですけどね^^;
AMPの仕様をを条件に入れた場合、実装条件がかなり制限されてしまいます。