確かに、機能実装時ブログカードのことは失念していました。
明日あたりにでも、修正可能か見てみたいと思います。

わいひら様

ご回答ありがとうございます。

急ぎませんので、落ち着いた時にご確認いただければと思います。

安定版リリースに向け、ご多忙のことと思います。

無理せずご対応いただければ幸いに思います。

僕のテスト環境で確認をしてみたのですが、問題なく動作しているようです（添付画像）。

なので、ちょっと実際に問題があるページのURLとかがないと、何とも言えないかもしれません（見てもわからない可能性はあります）。

わいひら様

メールありがとうございます。

わいひら様の環境では正しく表示されていますね。

取り急ぎサイトのURLを添付します。 https://yokaku.mixh.jp

テスト環境の為、サンプル記事（２つ）しか投入していませんのでご了承ください。

①記事URL→ https://yokaku.mixh.jp/t-1/

「ターゲット市町村」を「テスト１」に置換

TITLE：「ターゲット市町村 タイトルサンプル１」が「テスト１ タイトルサンプル１」になるように設定

METAデスクリプション：「ターゲット市町村 メタディスクリプション サンプル1」が「テスト１ メタディスクリプション サンプル1」になるように設定。

記事内に https://yokaku.mixh.jp/t-2/のブログカードを設置

②記事URL→ https://yokaku.mixh.jp/t-2/

「ターゲット市町村」を「テスト２」に置換

TITLE：「ターゲット市町村 タイトルサンプル２」が「テスト２ タイトルサンプル２」になるように設定

METAデスクリプション：「ターゲット市町村 メタディスクリプション サンプル1」が「テスト２ メタディスクリプション サンプル２」になるように設定。

記事内に https://yokaku.mixh.jp/t-1/のブログカードを設置

③サイドバーに関して

サイドバー（最近の投稿）のタイトルが上手く反映されていないようです。ターゲット市町村の置換部分が開いたページでの置換後のタイトルになっています。

例えば、t-1を開いた場合、「テスト２ タイトル サンプル２」となるはずが、「テスト１ タイトル サンプル２」となっています。

少し長くなりましたが以上になります。

まっさらな状態でも現象が起きるか確認するために、新規でインストールしたwordpressです。プラグインは追加せず、置換のphpを追加したのみとなっております。

何かわかりましたら教えてください。

すいません。
ちょっとテキストだけだとタイトルが通常タイトルなのかSEOタイトルなのか何なのかとかもちょっとわかりづらいので、それぞれの投稿ページ管理画面の「投稿タイトル」「本文」「SEO設定」全部が写っているキャプチャを掲載していただいてよろしいでしょうか。

アップローダが必要であれば、そちらにあるのをご利用ください。
https://wp-cocoon.com/read-me-for-using-fourm/

わいひら様

メールありがとうございます。

お忙しい所、ご確認いただきとても嬉しいです。

投稿ページを添付いたしました。

添付画像に記載した「市町村の記入欄」のコードも併せて添付します。 

カスタムフィールドで置換したい文字を入力する方法で行っています。

その他の情報を記載します。

・プラグイン無し

・サーバーmixhost

・wordpress カスタマイズ無し

・COCOON様の設定 インストールしたばかりのデフォルト状態です。

// 固定カスタムフィールドボックス
function add_target_fields() {
 add_meta_box( 'target_setting', '市町村の記入欄', 'insert_target_fields', 'post', 'normal');
}
add_action('admin_menu', 'add_target_fields');
 
 
// カスタムフィールドの入力エリア
function insert_target_fields() {
 global $post;
 echo 'ターゲット市町村： <input type="text" name="target_city" value="'.get_post_meta($post->ID, 'target_city', true).'" size="50" /><br>';
 echo 'ターゲット村町市： <input type="text" name="target_mura" value="'.get_post_meta($post->ID, 'target_mura', true).'" size="50" /><br>';
 echo 'ターゲットＡＳＰ： <input type="text" name="target_ASP" value="'.get_post_meta($post->ID, 'target_ASP', true).'" size="50" />　<br>';
}

// カスタムフィールドの値を保存
function save_target_fields( $post_id ) {
 if(!empty($_POST['target_city'])){ 
 update_post_meta($post_id, 'target_city', $_POST['target_city'] );
 }else{ 
 delete_post_meta($post_id, 'target_city'); 
 }
 
 if(!empty($_POST['target_mura'])){
 update_post_meta($post_id, 'target_mura', $_POST['target_mura'] );
 }else{
 delete_post_meta($post_id, 'target_mura');
 }
 
 if(!empty($_POST['target_ASP'])){
 update_post_meta($post_id, 'target_ASP', $_POST['target_ASP'] );
 }else{
 delete_post_meta($post_id, 'target_ASP');
 }
}
add_action('save_post', 'save_target_fields');

// 文字置換 始まり
function change_any_texts($text){
$replace = array(
//'変更前' => '変更後',
'ターゲット市町村' => (get_post_meta( get_the_ID(), 'target_city', true )),
'ターゲット村町市' => (get_post_meta( get_the_ID(), 'target_mura', true )),
'ターゲットASP' => (get_post_meta( get_the_ID(), 'target_ASP', true )),
);
$text = str_replace(array_keys($replace), $replace, $text);
return $text;
}
add_filter('the_content', 'change_any_texts');
add_filter('the_title', 'change_any_texts');
add_filter('meta_description_text', 'change_any_texts');
add_filter('meta_keywords_text', 'change_any_texts');
add_filter('the_page_seo_title', 'change_any_texts');
// 文字置換 終わり

トピック冒頭ののカスタマイズをした上でということだったんですね。
読み込みが足らずに申しわけありません。

PHPで出力をカスタマイズしていたら、Cocoon本来の動作をしないのもしょうがないかと思います。
サポート対象外のものにもあるように、申し訳ないですが個別のカスタマイズの対応まではちょっと難しいです。

それは、クラウドソーシングなどでプロとかに頼む部類のものになると思います。

わいひら様

ご回答ありがとうございます。

phpカスタマイズの件を最初にお伝えしておらず申し訳ありません。

私が詳しく状況を説明していたらサポート外と早期でご指摘いただけたかと思い反省しております。

貴重なお時間を使って色々とご回答いただき、恐縮です。

数年前までは無料のテーマを使用しておりましたが、最近は有料のテーマばかり使用しておりました。

Cocoonも「話のタネに使って見るか」程度でしか考えていませんでしたが、無料でここまでできるのか！と「有料 is ベスト」と思い込んでいた私にとっては目から鱗な出来事でした。（長生きはするものですね）

カスタマイズも容易なので、新サイトはCocoonで作成しています。

また、質問に対してもスピーディにご回答いただけるので、とても感銘を受けました。

今後の使用で不明点が出た場合は、改めてご質問させていただきます。

それでは、安定版のリリースを楽しみにしております。

がんばってください。

お役に立てず申しわけないです。
とても、他の方が書かれたカスタマイズコードの検証をする時間まではないので、対象外とさせていただいています。
そこまでやってしまうと、時間がいくらあっても足りないので;