お返事ありがとうございます。
私は子テーマをインストールしたことがなく、親テーマにコードの追加等をしていました。

原因がわかり、解決いたしました。
丁寧なご説明ありがとうございました。

それは、子テーマを使用していてもそのような状態になったということでしょうか。
サイトのソースコードを確認した限りでは、子テーマが使用されている形跡はありません。

テーマをアップデートすると親テーマが上書きされるので、子テーマ側にカスタマイズするのが現時点での一般的なテーマの仕様です（※ブロックテーマ除く）。

以下から、子テーマをダウンロードして、インストール、有効化してください。
https://wp-cocoon.com/downloads/

ただ、親テーマ→子テーマに変更するとCocoon設定等がすべて失われてしまうため、以下の手順で変更することをおすすめします。

まずは以下の方法で、親テーマの設定をバックアップしてください。
https://wp-cocoon.com/how-to-theme-settings-backup/
その後、以下から子テーマをダウンロード→インストール→有効化。
https://wp-cocoon.com/downloads/
最後に、子テーマを有効化した状態で、子テーマに対して設定のリストア行ってください。
https://wp-cocoon.com/how-to-theme-settings-restore/

このたび Cocoon バージョン:2.4.9 に更新すると、「style.css」や「functions.php」などに追加したコードが削除されてしまいました。

それほどたくさんのコードを追加していなかったので問題ありませんが、ご報告しておきます。