広告リンクとは、AdSenseとかのことでしょうか？
出来れば、コメントの案内にもあるように、フォーラムに書き込んでいただいてよろしいでしょうか。
https://wp-cocoon.com/community/
該当ページのURLと、該当部分のキャプチャとともに、書き込んでいただければ幸いです。
フォーラムでは、登録不要で書き込むことができますので、コピペでも良いのでよろしくお願いいたします。

cocoon好きなド素人です。　

質問ですが、

楽天の商品リンクは表示されるのですが、広告リンクが表示されません。楽天アプリ・アフィリエイトIDは取得入力しています。

思い当たることがあればアドバイスお願いします。

公式のソースありがとうございます！
早速記事の方に記入させていただきました。