コードが短縮できました。
追加ありがとうございます。

1.header-tagline
ヘッダーのキャッチフレーズ表示（tmp/header-tagline.php）では、一般設定のキャッチフレーズがそのまま用いられますが、このキャッチフレーズはトップページのタイトル（サイト名 | キャッチフレーズ）などでも用いられます。
これらを別々のテキストで設定したい場合、自由形式タイトルなどを利用して設定することが可能ですが、できればヘッダーに表示されるテキストも別途設定できるようフックが欲しいです。

bloginfo('description')

にはget_bloginfo関数のフックが適用できますが、'description'は比較的よく使用されるものなので、

<?php echo apply_filters('tagline_text', get_bloginfo('description')); ?>

https://github.com/yhira/cocoon/blob/master/tmp/header-tagline.php#L11

のようなフックがあると助かります。

2.is_the_page_sidebar_visible関数
サイドバーの表示/非表示を判定して、クラス名'no-sidebar'を挿入するための関数ですが、

return apply_filters('sidebar_visible', $sidebar_visible);

https://github.com/yhira/cocoon/blob/master/lib/utils.php#L2215

のような判定値を変更できるフックが欲しいです。