元々、少ない需要の割には、簡単そうなので実装考えましたが、ちょっとすぐには出来そうにないので、今回の機能は無効化しようと思います。
とりあえず、TODOに入れておこうと思います。

MathJaxスクリプトで、例えばCSSセレクタを指定して、特定のHTML要素だけ数式化するなんて事はできるのでしょうか？
#post-29893

色々と方法はあるのかもしれませんが、私の場合はv3標準（公式ドキュメント）に則ってサーバーサイドで実装することで実現しています。

GutenbergのSSR時にMathJaxを通せば、作成した数式ブロックを考慮するだけでよくなります。
エディタ上でTeXの表示をリアルタイムでチェックできますし、ブラウザ読み込み時の変換が必要なくなるので高速化にも繋がり、MathJaxから受け取ったマークアップをブロックのマークアップに受け渡す（AMPページではここでAMP化を挟む）ので、ブロック外への影響もありません。

ショートコードは実装していませんが、上記の実装部分をショートコードの実行完了直前までにあるフックから受け渡しを行えばよいのではないかと思います。

Cocoonの実装をざっと確認したところ、

• #post-29925の書き込みのように、数式と合わせてコンテンツとしてのデリミタが使用できない。
• デフォルトとは別のデリミタを設定する場合のAMP対応は、各自で実装しなければならない。

などはテーマ側での判断かと思いますが、少なくとも

1. AMP化がパラグラフ内に限定されてしまっている（pタグとdivタグの関係は？機能への移行等でpタグで囲っていない場合は？など）。
2. $$ ... $$の場合が考慮されていない。

あたりは修正が必要そうです。

右辺の -1 を左辺に移項して \(e^{\pi i} + 1 = 0\) とすることで、0、1、\(e\)、\(\pi\)、\(i\) を全て含む式としてにんまりする人も多いらしいですが、個人的には移項しないシンプルな方が好きです。

\ 

僕の使い方では、数式番号は不要です。
デフォルトではOFFで、オプションで、ON・OFFできると良いと思います。

これはAMPページを考慮しなければ、それでも良いと思っていました。
ただ、AMPページでは数式番号が表示されないので、仕様を統一するためにも、オン/オフ機能は、とりあえず付けないでおこうと思います。
※機能を有効化したのに、AMPで表示されないという問い合わせが来そうなので。

不用意にMathJaxの対象範囲を広げると意図しない変換が起こるので、

とりあえず対象範囲をなるべく狭める方法としては、とりあえずは開発コストが一番安い以下のようなショートコード方式をとることにしました。
https://gcbgarden.com/2017/12/25/mathjax-latex-plugin/

Cocoonで数式を利用するには、以下の手順をとる必要があります。

1. Cocoon設定「コード」タブから「数式表示を有効にする 」を有効化する
2. 投稿するときに本文のどこでも良いのでというショートコードを入力する
3. ブロック要素の数式を入力するには/フォーマットで入力する
4. インライン要素の数式を入力するには/(数式/)フォーマットで入力する

※今回$数式$フォーマットでの入力は、採用しませんでした。誤変換が多くなりそうなので。

公式ドキュメントに書いてありました。

本家

http://docs.mathjax.org/en/latest/options/document.html

Google翻訳版

http://translate.google.com/translate?hl=ja&sl=auto&tl=ja&u=http%3A%2F%2Fdocs.mathjax.org%2Fen%2Flatest%2Foptions%2Fdocument.html

なんかよくわからないけど、とりあえず。

https://stackoverflow.com/questions/39935447/is-there-any-way-to-exclude-mathjax-processing-from-certain-html-elements

なお、特定のクラスを除外することはできるようです。