承知しました。

もし、原因が分かるようなことがありましたら追記させて頂きます。

ご対応ありがとうございました。

新規にWPをインストールして再チェックしましたがタグページは問題ありませんが、やはりカスタムタクソノミーページは反映されない項目があります。
（カスタムタクソノミーの追加はCustom Post Type UIを使用）

再現できないようでしたら、ご対応頂かなくても構いません。
（反映されない項目は私は利用しませんので…）

よろしくお願いいたします。

例えば、現在カスタムタクソノミーをどのように設定しているのかとかの詳細な説明をいただいて、こちら側でも不具合を再現できないとちょっと対応は難しいかもしれません。

修正版を確認したところ、カスタムタクソノミー編集ページのタグ本文、アイキャッチ、noindex設定は入力が反映されるようになりましたが、タグタイトル、メタディスクリプション、メタキーワードは反映されないようでした。

ご確認お願いいたします。

しかし、カスタムタクソノミーの編集ページにもnoindex設定が追加されているのですが、

なぜ、カスタムタクソノミーの編集ページに入力フォームが表示されているのか確認してみたら、どうやらタグ設定用のものが出力されているみたいですね。
いろいろ調べてみたら、タグのID取得用に、get_query_var('tag_id')だとterm_idが取得できないのが問題っぽいですね。
※元々、タグ用のものなので、本来はカスタムタクソノミーで出力されているのが想定外でした。

けれど、いろいろ調べてみたら、思ったより簡単に対応できそうだったので、カスタムタクソノミーでも利用できるように修正してみました。
https://github.com/yhira/cocoon/commit/8aa13af3e6750da11570b06e3fca2e4c514abbea

よろしければ、以下のファイルで試してみていただければ幸いです。
------------------------------------------------
https://github.com/yhira/cocoon
最新ファイルをダウンロードする場合は、上記ページのダウンロードボタンからzipファイルをダウンロードしてください。
https://wp-cocoon.com/wp-content/uploads/2020/07/github-dl.png
FTPでのアップデート方法はこちら。
https://wp-cocoon.com/ftp-update/
------------------------------------------------

早速のご対応ありがとうございました。

動作確認したところ、カテゴリー・タグの個別noindex設定は効いているようでした。
（出力されたソース上で確認）

しかし、カスタムタクソノミーの編集ページにもnoindex設定が追加されているのですが、
こちらの設定は効いておりませんでした。

と言いますか、気が付かなかったのですが、カスタムタクソノミーの編集ページではタグ編集ページと同じ入力項目があるのですが、デフォルトからの追加項目分はどれも反映されないようですね…。

ちょっとこちらの意図するものとは違いましたので今回の機能追加は見送って頂いて構いません。

お手数おかけしたのに申し訳ございません。

私が想定している使い方としましては、カテゴリー以外のタクソノミーは「Cocoon設定 > SEO」で基本noindexとし、記事が一定数以上たまったタームについては個別設定でindexさせていきたいと考えております（全体設定よりも個別設定を優先する）。

ただし、上記の仕様は、以下の理由から採用は見送らせていただきました（Cocoon設定の全体設定を優先）。

• この仕様だとCocoon設定で「カテゴリー（タグ）全体をこれまでnoindex」にしていた人が「デフォルトで全てnoindexではない」設定に変わってしまう（既存ユーザーがデフォルトで真逆の設定に変わってしまう）
• 利用者の多くは基本的に「カテゴリー全てをnoindexなし（これがデフォルト）」で利用し「特定のカテゴリ（タグ）だけnoindexにしたい」という人の方が多いと考える

よろしくお願いいたします。