動作確認のご連絡がないようですので、代わりに私が。

親テーマ更新後、クラシックエディタで、以下の通りに、キーボードショートカットで、マーカーを挿入できることを確認させていただきました。

• 黄色マーカー:ctrl+shift+y
• 黄色アンダーラインマーカー:ctrl+shift+z（yの下の文字）
• 赤色マーカー:ctrl+shift+r
• 赤色アンダーラインマーカー:ctrl+shift+s（rの下の文字）
• 青色マーカー:ctrl+shift+b
• 青色アンダーラインマーカー:ctrl+shift+c（bの下の文字）

勝手ながら、当方にて動作確認もできたことから、本トピックを「解決済」にさせていただきました。

functions.phpにショートカットの部分とマーカーのクラスをそれぞれ変更して三色マーカーを動作させようとしたのですが自分の環境では黄色以外は動作しませんでした。

動作しないということは、コピーミスなのかもしれないです。
動作自体は、正しい範囲をコピーするだけですので、問題ないはずです。

マーカーが適用されないということであれば、正しいclass出ない可能性もあるのかもしれないです。

今回のものは、別にマーカーでなくても利用できると思います。
HTMLをclass付きのspanタグで囲っているだけですので。

今回、わいひらさんに修正していただいた、親テーマの修正履歴をみれば分かると思います。

https://github.com/xserver-inc/cocoon/commit/e9b9d25121e78c212074308174ae4a9c6d8ea447

基本的には、ショートカットキーと、classを変更するだけです。

functions.phpにショートカットの部分とマーカーのクラスをそれぞれ変更して三色マーカーを動作させようとしたのですが自分の環境では黄色以外は動作しませんでした。

なので（functions.phpに三色マーカーのコードを追加した後）CSSに少し追加したら無事に動作するようになりました。　肝心の部分を端折ってしまい申し訳ございません。

@わいひらさん

ここまで迅速な対応していただけるとは思っていませんでした。

mk2さん、わいひらさん　お二方さん本当にありがとうございます

cssに少しだけ追加したら無事三色とも動きました

「CSS」とありますが、これは誤記でしょうか。
（私が提示したコードのことならば、子テーマのfunctions.phpに追加してください。別件であれば、ご放念ください）

解決したのであれば、何よりです。

迅速な対応ありがとうございました

function add_custom_tinymce_shortcuts($mceInit) {
    $mceInit = 'function(editor) {
        // 黄色マーカー (Ctrl + Shift + Y)
        editor.addShortcut("ctrl+shift+y", "Insert yellow marker", function() {
            var selectedText = editor.selection.getContent();
            var markerText = "<span class=\"marker\">" + selectedText + "</span>";
            editor.execCommand("mceInsertContent", false, markerText);
        });

        // 黄色アンダーラインマーカー (Ctrl + Shift + Z)
        editor.addShortcut("ctrl+shift+z", "Insert yellow underline marker", function() {
            var selectedText = editor.selection.getContent();
            var markerText = "<span class=\"marker-under\">" + selectedText + "</span>";
            editor.execCommand("mceInsertContent", false, markerText);
        });
    }';
    return $mceInit;
}
add_filter('tiny_mce_before_init', 'add_custom_tinymce_shortcuts');

上記の行を増やして（コピーして）、以下の部分を変えると、他のものもできるのではないかと思われます。
（試していません）

• ショートカットの部分「addShortcut("ctrl+shift+y"」
• マーカーのclass「span class=\"marker\"」
  （私はクラシックエディタで確認しましたが、おそらくブロックエディタでも、同様のclassが追加されるのではないかと思います）

簡単にしか試していませんので、上手くいかなかったらすみません。

現時点でCocoonのブロックエディター機能に設定してある６つのショートカットキーをクラシックエディタ用にも搭載していただきたいです

• 黄色マーカー:ctrl+shift+y
• 黄色アンダーラインマーカー:ctrl+shift+z（yの下の文字）
• 赤色マーカー:ctrl+shift+r
• 赤色アンダーラインマーカー:ctrl+shift+s（rの下の文字）
• 青色マーカー:ctrl+shift+b
• 青色アンダーラインマーカー:ctrl+shift+c（bの下の文字）

ご検討宜しくお願い致します。