ご回答いただきましてありがとうございました。
やはり、自然ではないとのことで複数のアフィリエイトタグを作成しようと思います。

複数の商品に同じリンクが対応している場合や、文言を少しだけ変えたい場合に、1つのアフィリエイトリンクだけで20個近いテキスト文言を登録する必要があったのでご質問してみたのですが、致し方ないですね。

はる様も仰るように、以前は直接記事に書いていたのですが、広告主のサイト改修により遷移先のリンクが変わったことがあり、その際に2週間以上かけて全てのリンクを修正した経験があったので、伺わせていただきました。
その時に、ふとアフィリエイトタグで文字の変更まで管理できたら便利だなあと思ったので…

皆様がご指摘くださったように、間違いが起きたり、そもそも不自然な運用になってしまうため、複数のアフィリエイトタグ作成にてご対応させていただきます。

お忙しい中、ご回答くださり誠にありがとうございました。
今後ともどうぞよろしくお願いいたします。

タグを分けても動作に問題はないかもしれませんが、機能としてややこしくなるうえに間違いが起こりやすい仕様となるのであまりおすすめはできません。

異なるショートコードで囲うよりも自然な運用な気がします。

記事1と記事2で異なるタグを使いたいのであれば、それぞれ用に別のアフィリエイトタグとして登録する(あるいはアフィリエイトタグ機能は使わず直接記事に書く)のが良いのではないかと思いました。

Cocoonをご提供いただきありがとうございます。
大変高機能で使いやすく感謝しております。

今回はアフィリエイトタグの管理機能について質問と要望がありご連絡させていただきました。

いくつかの広告主様から表示テキスト文言の変更を許可されているアフィリエイトタグをいただいているのですが、このようなケースのタグ管理についてです。

Cocoonでは、アフィリエイトタグを登録でき、［affi id=1］などと入力すると、登録したタグが反映されると思います。
こちらの機能は大変便利で重宝させていただいております。

一方で、文言の改変を許可されているアフィリエイトタグの場合、文言を変える必要があると登録していたアフィリエイトタグを利用できません。（登録した文言で表示されてしまうため）

そこで、以下のようにアフィリエイトタグのテキスト部分までと、テキスト部分以降で2分割して、2つのアフィリエイトタグを併用することで文言変更を可能にしようと考えているのですが、このような対応は可能でしょうか。

※表示が反映されるように便宜的にタグの＜＞を全角にしています。

***************************************
例）
［改変を許可されたアフィリエイトタグが以下の場合】
＜a href="https://〇〇〇〇" rel="nofollow"＞自由テキスト＜/a＞＜img src="https://〇〇〇〇" alt="" width="1" height="1" border="0" /＞

【アフィリエイトタグへの登録】

①［affi id=1］
＜a href="https://〇〇〇〇" rel="nofollow"＞

②［affi id=2］
＜/a＞＜img src="https://〇〇〇〇" alt="" width="1" height="1" border="0" /＞

【テキストエディターでの入力】
［affi id=1］自由テキスト［affi id=2］

***************************************

Cocoonにて試してみたところ一応動作はするようなので問題なさそうなのですが、ソースを確認すると「data-atag-id="〇〇" data-post-id="〇〇"」という表記がタグ部分に自動追加されてしまっているようです。

当初よりこのような使われ方は想定していなかったと思うのですが、実現できたら非常に便利で拡張性が高くなるので、上記のような利用が問題ないかどうかご教示いただけますと幸いです。

また、他の部分と干渉してしまう、例えばテーブルやボタンで使うと不具合が起きるなど、上記の利用が現実的でない場合は、アフィリエイトタグのテキスト改変を可能にするような機能をリクエストさせていただければと思います。

お忙しいところ大変お手数をおかけしますが、ご確認をよろしくお願いいたします。