修正されていることを確認しました。
本件をクローズとします。

●ご参考

「行番号を表示する」としたとき、以下で疑似要素で行番号を最大99まで作成する。

https://github.com/xserver-inc/cocoon/blob/beabe59b688df9e469b664b746dd549e27778ece/tmp/css-custom.php#L906-L917

行番号ごとに改行しており、例えばコードを折り返しとカスタマイズした場合、行番号とコードが一致しなくなる。
そのため、以下のようにJSで各行の前に行番号用のクラスを追加するようにしてみた。

但しGutenbergエディター（ブロック）前提で、クラシックエディターは考慮していない。
また、「ハイライト表示するCSSセレクタ」を設定できるため、それを考慮すると以下では、結構面倒かと思われる。

jQuery(function($) {
  // 対象となるコードブロックのセレクタ
  const TARGET_SELECTOR = '.wp-block-code code';

  $(TARGET_SELECTOR).each(function() {
    // <code>内のテキストを取得し、改行ごとに分けて配列にする
    var tmp = $(this).html();
    var lines = tmp.split('\n');
    var txt = '';

    // 各行の先頭に行番号を追加
    for (var i=1; i<=lines.length; i++) {
      txt += '<span class="code-line"></span>' + lines;

      if (i !== lines.length) {
        txt += '\n';
      }
    }

    $(this).html(txt);
  });
});

.wp-block-code {
  counter-reset: line;
}

.wp-block-code .code-line {
  color: #777;
  counter-increment: line;
  display: inline-block;
  margin-right: 0.5em;
  text-align: right;
  width: 2em;
}

.wp-block-code .code-line::before {
  content: counter(line);
}

実害はないですが、Chromeのある条件下で起こります。
まず気付かない上、使用頻度が低いので、修正するか否かはお任せします。

●設定

→
→サイトフォント「文字サイズ」を18px
→「ハイライト」のソースコードをハイライト表示するをオン、行番号を表示するをオン

「コード」ブロックに以下を入力

// メタボックスを追加
add_action('add_meta_boxes', function() {
  add_meta_box(
    'cpt_sticky',
    '先頭固定設定',
    'render_cpt_sticky_metabox',
    'xo_event',
    'side',
    'default'
  );
});

●現象

Chromeで表示した際、図示の通り「コード」ブロックの行番号12の一部が表示される。
また、→のプレビューの行番号7も同様。

●原因

行番号は疑似要素で1～99を出力している。

<pre>タグ（コード表示部）に合わせ余白に合わせ、以下で余白を設け、コード表示部からはみ出した行番号はhiddenで非表示としたい。
しかし、paddingとしているので、例えば行番号12の一部が表示されてしまう。

https://github.com/xserver-inc/cocoon/blob/acf367d85dbd7b5b555e33861b0b4fd5a9fc6726/style.css#L12519

●対策

marginが正しいのでは？