見出しに関してはそういった変更はしていないと思います。
当サイトも最新版にアップデートしておりますが、この記事なども見出しに数字はついていないようです。

こちら投稿のコメント欄なので、よろしければ問題が出ているページとともにフォーラムに書き込んでいただければ幸いです。
https://wp-cocoon.com/community/cocoon-theme/
実物のソースコードを見れば、何かしら原因がわかるかもしれません。
※

2.8.8に戻したところ、見出しの数字はなくなっているようです。
お手数をおかけしますが、ご確認いただけますと幸いです。

コメントありがとうございます。
恐れ入りますが、コメント入力フォーム前の案内にありますようにテーマに関する相談はフォーラムの方にお願い致します。
https://wp-cocoon.com/community/
よろしくお願いいたします。